مزایای بازاریابی آنلاین بسیار زیاد است، اما مانند هر روش بازاریابی دیگری، بازاریابی آنلاین هم ممکن است با برخی معایب همراه باشد. در زیر به برخی از این معایب اشاره می کنیم:

1. اشباع بازار: با گسترش اینترنت و رشد سریع تعداد وب سایت ها، رقابت برای جذب مشتریان بسیار بالا رفته است. در این شرایط، شرکت های کوچک و جدید نیازمند تلاش بیشتری برای رقابت با شرکت های بزرگ دارند.
2. نیاز به توانایی های دیجیتال: بازاریابان آنلاین باید توانایی های دیجیتالی قوی داشته باشند تا بتوانند به درستی از ابزارهای مختلفی مانند سئو، تبلیغات پرداختی، رسانه های اجتماعی و غیره استفاده کنند.
3.  محدودیت های بودجه: برخی از ابزارهای بازاریابی آنلاین، مانند تبلیغات پرداختی، برای شرکت های کوچک و جدید با بودجه محدود، هزینه بالایی دارند. این شرایط باعث می شود که این شرکت ها برای رقابت با شرکت های بزرگ دیگر، با محدودیت های بودجه مواجه شوند.
4. امنیت و حریم خصوصی: یکی از مشکلات بازاریابی آنلاین، مسئله حفظ امنیت و حریم خصوصی کاربران است. برخی شرکت های بازاریابی آنلاین به دنبال جمع آوری اطلاعات شخصی کاربران هستند، که ممکن است باعث افزایش احتمال تخلف از حریم خصوصی و نقض آن شوند.
5. تغییرات مداوم: بازاریابی آنلاین تحت تأثیر تغییرات مداوم الگوریتم‌های موتورهای جستجو، روش‌های تبلیغاتی و… قرار دارد. این به معنای این است که برای پیگیری تغییرات باید به صورت مداوم به روز باشید و به‌روزرسانی‌های مورد نیاز را انجام دهید.